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《猩球崛起》以深入浅出的故事探讨人类文明与科技进化之间的冲突。

故事的背景设在现代的旧金山，基因科学家威尔-罗德曼（詹姆斯·弗兰克饰）为了治疗人类神经萎缩类疾病研发了一种药品，可以治疗老年痴呆一类的病症，新药在黑猩猩身上做实验时，发现可以大幅度提高其智力，症状眼睛变为绿色，智力达到人类水平，这只试验成功的黑猩猩生下小猩猩后，为了保护其子母性爆发，袭击了工作人员而被射杀。其后研究所被迫对剩下所有黑猩猩进行了安乐死，研究项目被迫停止。为了救新生的小猩猩，威尔收养了他并起名凯撒（安迪·瑟金斯饰），在喂养凯撒过程中，因治疗猩猩的伤，威尔-罗德曼遇上了动物学家凯洛琳（芙蕾达·托饰）并相恋。

凯撒因为遗传其母的基因，从小就有很高的智慧，同威尔一家人一直幸福的生活着。威尔看到凯撒的实验效果后，给老年痴呆症的父亲注射了同样的药品，奇迹般的恢复了大脑功能，但是数年后威尔发现人体对这种病毒药品产生了抗体，威尔的父亲病情恶化。威尔向上司展示药品成果，要求使用更猛烈的病毒进行实验，并在猩猩实验中取得成功，威尔将药品带回了家。在一次误伤人类之后，凯撒被迫与威尔分离，并被送进了看护所。在那里他受到了无情的对待，继而开始对人类产生敌意。有着高智慧的凯撒顺利逃离了看护所，回到威尔的家后偷走了药品，带回看守所给其他黑猩猩使用，并开始领导他们，最终带领其他猩猩逃出了看守所。而此时已经证明这个药品对人类是一种致命的病毒，但是对猩猩无害而且能大幅提高其智慧，病毒已经开始传播，形势在逆转，一场不得不与人类对立的战争即将开始。

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